Sejarah merupakan kejadian dan peristiwa yang telah terjadi pada masa lampau yang memberikan informasi penting kepada orang-orang saat ini. Jika kita berbicara mengenai sejarah Desa Malei tentu banyak hal yang dikaitkan dengan desa yang ada disekitarnya karena Desa Malei untuk mandapatkan legitimasa sebagai desa secara definitif melalui masa yang lumayan panjang.

Dahulu Desa Malei merupakan salah satu wilayah Desa Martasari di bawah pemerintahan Kecamatan Pasangkayu sebelum adanya pemekaran desa. Saat ini masih banyak orang belum mengenal Desa Malei karena yang melekat pada ingatan mereka adalah Pedanda II. UPT (Unit Persitas Transmigrasi) Pedanda II sendiri terjadi pada tahun 1992 yaitu pada masa Pemerintahan Orde Baru dengan Program Transmigrasi (Perpindahan penduduk dari daerah menuju daerah lainnya) yang kala itu juga masih di bawah naungan Pemerintah Kecamatan Pasangkayu. Dengan beriringnya waktu sejak tahun 1992, UPT Pedanda II sebelum mendapatkan legitimasi juga sempat menjadi Desa Mataram, namun pemberian Desa Mataram sendiri tidak berangsur lama atau bersifat sementara. Kemudian memasuki tahun 1997, UPT Pedanda II dimekarkan kemudian berubah nama menjadi Desa Malei, melalui musyawarah yang dihadiri oleh para tokoh masyarakat dan para kepala dusun kala itu